San José del Guaviare tiene 13 colegios privados registrados ante el Ministerio de Educación Nacional. De ellos, 6 ofrecen bachillerato completo hasta grado 11, mientras que 7 llegan solo hasta primaria. 1 manejan jornada completa. 1 pertenecen a comunidades religiosas, fundaciones o cooperativas; el resto son de persona natural.